大小鼠DNA甲基化捕获测序服务

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þ  大鼠/小鼠DNA甲基化捕获测序

SureSelectXT甲基化测序系统(Methyl-Seq)是一个全面的NGS靶向序列捕获系统。除研究人以外,该系统可以对大鼠、小鼠两种常见模式动物进行表观遗传学检测,帮助研究者寻找那些已知甲基化可影响基因调控的区域:CpG islands、CpG island shores、CpG island shelves、 undermethylated 区域、启动子及差异性甲基化区域 (DMR)。


技术优势

l   小鼠约100 Mb区域设计CpG,大鼠90 Mb区域设计CpG

l   高灵敏度:单碱基分辨率

l   高端的生信分析平台:中科普瑞开发的表观云分析工具

l   不依赖甲基化状态的探针

l   高灵敏度:分辨率可达到单个碱基

l   成本低:相比全基因组重亚硫酸盐测序,可提高通量并降低成本

l   与现有甲基化方法相比,可降低偏差(bias)


技术流程

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图1. SureSelectXT甲基化测序系统工作流程经过优化,用于采用 Agilent SureSelect 靶向序列捕获系统进行 DNA 甲基化分析


数据分析

利用中科普瑞开发的表观云分析工具分析 DNA 甲基化,可简单快速实现甲基化水平、CpG 区域覆盖和碱基质量等的可视化。通过单碱基对分辨率鉴定甲基化状态,可以发现 DMR的基因,既能实现甲基化与转录、WES等的关联分析,又能实现对重要甲基化区域的鉴定与生物学功能挖掘。


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图2. 表观星云平台。


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图3表观云平台的捕获测序预处理结果数据指控图。


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图4. 生物信息分析流程图,红色标注为中科普瑞特色分析内容

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