第七届国际肺癌大会会议简讯中科普瑞CTO:从TMB检测到肿瘤新抗原预测

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近年来,肺癌的治疗迎来了新的变革,无论是靶向药物的不断出现,还是免疫治疗取得的成果,都帮助我们在攻克肺癌的道路上更进一步。

中科普瑞CTO 戴珩 博士应邀出席此次大会,与会分享了中科普瑞所独有的生物信息算法模型在新型分子标志物检测中的应用:从TMB检测到肿瘤新抗原预测,为临床肿瘤临床精准治疗、肿瘤免疫治疗用药方面提供参考。我们拥抱这些变革,并借助大会的机会,将其进行分享、讨论和探索,谋求合作机会,来推进肺癌治疗的进步。


中科普瑞CTO:戴珩 博士

肿瘤免疫治疗的时代已经来临,免疫疗法的生物标志物除了PD-L1,MSI,dMMR以外,TMB将会是下一个最有前途的生物标志物,能否准确的预测则需要更加全面的检测方法,中科普瑞的Super WES将会解决这些问题,助力肿瘤免疫治疗新时代。


戴珩 博士:南加州大学分子生物学博士,曾就职于强生制药(Johnson & Johnson)与美国生物纳米基因(BioNano Genomics)公司,参与多项新药早期研发的工作并开发出世界领先的基因测序组装科研产品,荣获强生交叉科学影响奖;2014年回国加入药明康德,主管生物信息,遗传分析,IT和软件方面的技术团队;2016年联合创办深圳市中科普瑞基因科技有限公司,担任CTO一职。


戴珩博士介绍Super WES解决方案


戴珩博士介绍了TMB及新抗原在肿瘤免疫治疗中的应用,建议采用WES或者其他能够全面检测SNV和InDel的检测方案,同时,新抗原的研究可以为肿瘤克隆进化过程中,为免疫治疗提供更好的监测和机理解释。


中科普瑞版本算法和软件:Sinotools


Ø: 完整的生物信息分析流程,可以全面一次性检测癌症测序数据的点突变、插入缺失、拷贝数变异、基因融合及微卫星不稳定性等突变类型。

Ø:经过了大量cancer cell lines和临床样本测序数据 严格的验证,在409基因panel 上SNV的灵敏度达到99.56%, 特异性达到99.74%。在WES样本的表现也同样优秀。

Ø快/省: Sinotools 采用Sanger 研究所开发的Samtools 的API  C语言接口,进一步优化计算性能及内存使用,计算速度比GATK(Java语言)快了十倍左右。

Ø可控:算法版本控制可靠,准确并且可以重复追溯。

Ø国际认可基于黄炳顶博士在德国国家癌症研究中心(DKFZ)肿瘤突变检测算法的进一步开发, 此套算法用于DKFZ的国际癌症研究组计划项目(ICGC), 其分析结果多次发表在高水平杂志如Nature genetics等上。DKFZ的肿瘤突变检测算法与英国的Sanger 研究所的分析算法及 美国 Broad研究所的GATK分析软件并列为ICGC的癌症基因组的标准分析算法,并应用于德国第一家精准医疗诊断公司-New Neo Oncology 的生物信息分析平台上。

Ø整合了dbSNP, ESPExome, 1Kgenome, ExAC, Cosmic, Clinvar 等国际权威数据库,定期更新及严格的版本控制。


戴珩博士的报告获得了大会主席、上海市胸科医院呼吸科主任韩宝惠教授的高度肯定,报告结束后,戴珩博士就肿瘤TMB检测抗原预测,以及肿瘤治疗的方案与参会人员进行了热烈讨论,获得了参会人员的一致肯定。

 

中科普瑞基于二代测序及其衍生技术开发多款针对于临床诊疗服务的基因检测产品(普瑞昂科®),可一次性全面检测突变、插入缺失、拷贝数变异、融合等变异类型及与肿瘤免疫治疗相关的MSI,TMB,Neoantigen等生物标志物,同时应用高测序深度覆盖微量基因变异,从而在样本有限的前提下提供精准的基因变异全景。


普瑞昂科®系列产品介绍

详情请咨询:021-58086128

官方网站:http://www.sinotechgenomics.com


下面我们来了解下会议中戴珩博士提及的普瑞护康TM(Super WES)产品。


普瑞护康TM开启全外显子测序新大门

普瑞护康TM区别于市场上其它NGS产品,不仅包含全外显子组区域,更包含与用药相关的融合基因内含子区域及微卫星区域,可覆盖全球100%的靶向药物及免疫药物,更包含所有正在临床试验的药物。普瑞护康(Super WES)经过捕获建库优化,用药区域达到400X以上, 其他外显子区域150X以上,既能满足用药解读的测序深度,也能准确全面做TMB评估及新抗原预测。

1,涵盖CFDA/FDA批准靶向药物,NCCN指南推荐药物及国际临床试验药物,肿瘤免疫治疗药物,为瘤患者制定精准的治疗方案;

2,全面覆盖全外显子组约2.7万基因及热点融合基因内含子区域,一次性检测基因的单核苷酸变异、插入缺失、拷贝数变异、基因融合等突变类型;

3,全面揭示微卫星状态(MSI),精准定量计算TMB(Tumor Mutation Burden,肿瘤突变负荷)水平,有效预测免疫治疗的效果(PD-1/PD-L1);

4,有效预测肿瘤新生抗原(neoantigen),揭示肿瘤免疫治疗新策略。


关于中科普瑞


深圳市中科普瑞基因科技有限公司,是由海内外基因领域知名专家联合专业的科研与临床专家顾问团队并整合国内著名企业资源共同发起创立的国际化高科技公司。中科普瑞下设全资子公司上海鲸舟基因科技有限公司上海鲸舟医学检验实验室,立足于新一代测序及其衍生技术,创始团队自主知识产权并经过国外大量研究认可的生物信息算法,整合多组学大数据挖掘的手段,全方位打造服务于临床的精准诊断技术平台和科研赋能创新平台。

公司以上海第三方医学检验实验室为依托,目前已推出针对肿瘤临床诊疗服务的“普瑞昂科PrecisionOnco”产品品牌,向国内外生物医学领域提供肿瘤等疾病用药指导及预后预测基因检测服务;同时依托强大的临床专家团队和多组学技术团队,提供基于肿瘤免疫的Metagenomics解决方案和肿瘤免疫领域各类精准Biomarker的检测服务和功能研究,为您的科研服务项目课题保驾护航。



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