单细胞ATAC-seq服务

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ATAC-seq测序全称为Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing,是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf、Jason Buenrostro和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法,原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。

我们每个人体细胞含有两米长的DNA,紧密地包裹在微观核中。ATAC-seq可识别DNA的哪些部分被解开,从而能有蛋白接近进行调控。基因受许多不同的蛋白质调控。例如,转录因子与DNA结合,并进行读取。有无数的转录因子,每一个都识别并结合非常特异的DNA序列。该序列称为motif,因为它非常具有特异性,所以可以在ATAC-seq数据中进行标记。该技术广泛的应用于基因组学界,例如人类细胞图谱项目,用于理解和绘制基因组功能。但是其复杂的过程耗时且效率低,只有一小部分细胞能产生可靠的结果。

ATAC-seq可一次性得到整个基因组上的开放染色质图谱,可用于探究转录因子结合,基因表达调控等生物学过程。比较发育不同阶段、不同实验条件下开放染色质图谱的变化,可进一步探究特定的生物学机制,比如胚胎发育的不同阶段,肿瘤相对正常组织开放染色质图谱的变化等等。


技术优势

超高通量:每个通道可容纳5000~10000个细胞核

超强捕获:细胞核捕获率高达65%

适用广泛:适用于细胞系、原代细胞、新鲜和冻存样本的研究

精细分析:可对单细胞基因调控网络进行精细化分析


应用方向

研究细胞异质性

探索生物标志物

定义细胞类型

构建基因调控网络


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