真菌基因组测序是基于二代或三代高通量测序技术，对真菌基因组进行测序，获得待测菌株基因组的编码和变异信息，研究其结构和功能，以帮助更加全面地了解真菌并加以利用。主要包括de novo测序和基因组重测序。
从框架图到完成图，不同组装级别满足不同研究需求
Survey评估 + 二代测序组装，快速获得基因组框架，适合物种初步鉴定和基因挖掘。
二代 + 三代联合组装，高连续性与准确性，适合大多数真菌基因组研究项目。
三代长读长 + Hi-C辅助，实现染色体级别组装，适合比较基因组与进化研究。
| 对比维度 | 框架图 | 精细图 | 完成图 |
|---|---|---|---|
| 测序平台 | 高通量测序 | 二代+三代多平台 | PacBio/Nanopore + Hi-C |
| 组装水平 | Scaffold 水平 | Contig 水平（高连续性） | 染色体级别 |
| 基因组完整度 | ~90%+ | ~95%+ | ~99%+ |
| 适用场景 | 初步鉴定、简单基因挖掘 | 大多数研究项目、功能分析 | 比较基因组、进化研究 |
| 周期 | 视项目而定 | 视项目而定 | 视项目而定 |
从样本抽提到生信分析，全流程标准化管控
基因组DNA提取
质量检测
基因组大小
杂合度评估
文库构建
高通量测序
序列拼接
Gap closing
注释/比较
功能分析
* 如基因组大小已知，可跳过Survey评估步骤
从组装注释到比较进化，全方位挖掘真菌基因组信息
序列拼接、Gap closing，输出框架图/精细图/完成图
基因预测、重复序列分析、非编码RNA鉴定
Nr/SwissProt/KEGG/GO 等多数据库功能注释
单拷贝基因树、物种进化树构建与分化时间估算
核心基因/附属基因/特有基因家族分类与功能分析
共线性分析、基因家族扩张收缩、正向选择分析
antiSMASH 预测天然产物生物合成基因簇
三代测序直接检测DNA甲基化修饰（可选）
多平台 + 专业分析 + 丰富经验，全方位保障项目质量
多测序平台联合 多平台灵活搭配，根据研究需求选择合适的测序方案。
框架图到完成图三级组装方案，按需灵活选择，有效平衡研究需求与项目成本。
基因预测、重复序列、非编码RNA、功能注释全面分析，次级代谢产物基因簇深度挖掘。
利用三代长读长测序直接检测DNA甲基化修饰，无需亚硫酸氢盐处理，碱基修饰信息更完整。
泛基因组家族分析、系统发育树构建、共线性分析、基因家族扩张收缩等多维度比较基因组学研究。
采用 antiSMASH 等专业工具，预测天然产物生物合成基因簇，助力新型活性化合物发现。
接受真菌纯培养物与基因组DNA样本，专业人员指导样本制备
| 样本类型 | 推荐起始量 | 保存条件 | 注意事项 |
|---|---|---|---|
| 菌丝体 | ≥ 500 mg | -80℃ 保存，干冰运输 | 取新鲜菌丝，滤纸吸干培养基后液氮速冻，避免反复冻融；确保为纯培养 |
| 孢子 | ≥ 10⁸ 个 | -80℃ 保存，干冰运输 | 收集孢子后立即冻存，避免污染；提供菌株信息与培养条件 |
| 基因组DNA | ≥ 2 μg | -20℃/-80℃ 保存，冰袋运输 | OD260/280=1.8~2.0，无RNA/蛋白污染；三代测序需高分子量DNA |
| 真菌平板 | 新鲜培养平板 | 4℃ 短期保存 | 纯培养平板，封口膜密封，常温运输；到达后需立即转接或抽提 |
* 样本量不足或特殊样本请咨询技术顾问，送样前建议先进行样本质量评估
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