表观基因组 ATAC-seq 染色质开放性 基因调控

BD Rhapsody™ 单细胞 ATAC-seq 表观基因组测序
单细胞分辨率的染色质可及性图谱

scATAC-seq 利用高活性 Tn5 转座酶，将开放状态的染色质片段化，并在切割位点插入测序接头。捕获的片段经扩增和测序后，构建全基因组染色质可及性图谱，揭示启动子、增强子、转录因子结合位点等活性调控元件的位置与状态。BD Rhapsody 平台在单细胞水平实现该检测，以单细胞分辨率解析表观基因组异质性。

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BD Rhapsody™ Single Cell
Cell Barcode + UMI
微孔+磁珠双捕获
核心优势

为什么选择 BD Rhapsody™ 平台

微孔物理分隔技术带来低多细胞率、高捕获效率和稳定的数据质量

高精度表观异质性

单细胞水平揭示细胞间染色质可及性差异

基因调控机制解析

直接揭示基因表达调控的表观遗传学基础

高质量稳定数据

不同样本起始量均可生成一致的高质量数据

细胞身份深度解析

从表观遗传层面定义细胞类型与状态

多组学整合潜力

可与WTA、AbSeq联用，关联染色质与基因/蛋白表达

技术流程

标准实验流程，稳定可靠的数据产出

从样本制备到生信分析，全流程标准化质控，确保实验结果的稳定性与可重复性

1

单细胞悬液制备与质检

细胞悬液制备、活性检测

2

Tn5转座酶处理

转座酶进入细胞核，在开放染色质区域插入接头

3

单细胞捕获与文库构建

BD Rhapsody平台单细胞捕获与建库

4

高通量测序

PE150测序

5

峰calling与单细胞表观分析

染色质开放区域鉴定与细胞分型

8大应用场景

单细胞ATAC-seq应用领域全景

从发育分化到疾病机制，从基因调控到药物发现，多维度解析表观遗传异质性

细胞类型高分辨分型

通过染色质开放模式区分稀有细胞类型和过渡态细胞

发育分化表观动态

解析细胞命运决定的表观遗传驱动因素

肿瘤异质性解析

揭示肿瘤亚群表观遗传特征与免疫微环境染色质状态

基因调控网络分析

定位特定细胞状态下的活跃TF及其靶基因

疾病表观遗传变异

识别疾病相关的异常开放/闭合区域，发现潜在靶点

神经科学精细研究

解析脑细胞亚型特异性表观遗传程序

药物响应评估

监测药物处理后染色质状态变化与可塑性

多组学整合分析

与WTA、AbSeq联用，全面解析细胞状态

样本要求

样本准备指南

规范的样本制备是高质量单细胞数据的基础，请在送样前参考以下要求

项目 要求
样本类型 新鲜组织解离细胞、细胞悬液、原代细胞等
细胞总量 建议 ≥ 1×10⁵ 个活细胞
细胞活率 ≥ 80%
细胞核完整性 需保证细胞核完整，避免染色质降解
其他要求 无细胞结团，无明显杂质
下载完整送样指南 咨询样本可行性
生信分析内容

全面的生信分析方案

从标准分析到高级分析，提供多维度的单细胞数据挖掘与可视化服务

标准分析

原始数据质控与reads比对
染色质开放区域（peak）鉴定
单细胞降维聚类与细胞分型
细胞类型特异性开放区域分析
转录因子足迹（footprint）分析
富集通路与功能注释

高级分析（可选）

基因调控网络（GRN）构建
拟时序表观轨迹分析
与scRNA-seq多组学整合分析
差异开放区域与差异基因关联分析
增强子-启动子互作预测
应用场景

广泛的研究应用方向

适用于生命科学研究的多个领域，助力高水平科研成果产出

细胞类型高分辨分型

通过染色质开放模式区分稀有细胞类型和过渡态细胞

发育分化表观动态

解析细胞命运决定的表观遗传驱动因素

肿瘤异质性解析

揭示肿瘤亚群表观遗传特征与免疫微环境染色质状态

基因调控网络分析

定位特定细胞状态下的活跃TF及其靶基因

疾病表观遗传变异

识别疾病相关的异常开放/闭合区域，发现潜在靶点

神经科学精细研究

解析脑细胞亚型特异性表观遗传程序

药物响应评估

监测药物处理后染色质状态变化与可塑性

多组学整合分析

与WTA、AbSeq联用，全面解析细胞状态

推荐测序量

建议 ≥ 50,000 ~ 100,000 reads/cell（根据研究深度调整）

高通量测序平台，PE150

获取方案
常见问题

FAQ 常见问题解答

关于产品和实验的常见问题，更多问题请联系技术支持

Q ATAC-seq 和 RNA-seq 有什么区别和联系？
A

RNA-seq 检测基因的表达水平（输出结果），ATAC-seq 检测染色质的开放状态（调控层面）。二者结合可以从"因"和"果"两个层面理解细胞状态，构建基因调控网络。

Q scATAC-seq 的数据质量怎么评估？
A

主要评估指标包括：每个细胞的有效片段数、TSS 富集分数、FRiP（峰区域片段占比）等，这些指标反映了染色质开放信号的特异性和数据质量。

Q 可以同时做 ATAC-seq 和 RNA-seq 吗？
A

BD Rhapsody 平台支持多组学联合方案，scATAC-seq 可与 WTA 等技术联用，实现同一细胞的表观组 + 转录组联合分析，具体方案请咨询技术支持。

06 单细胞ATAC测序对样本有什么要求？
单细胞ATAC测序通常使用细胞核样本，要求细胞活性不低于70%，细胞浓度在500至2000 cells/μL之间，细胞总量建议不少于5×10^5个。样本类型包括新鲜组织、细胞系、冻存细胞等。不同样本类型的处理方案略有差异，送样前建议与技术团队确认样本准备方案。
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